1939. Polen faller i nazistenes hender og verden går til krig. Unge Alma sendes bort for å bo i trygghet hos tante og onkel i deres herskapshus i San Francisco. Der møter hun Ichimei, sønn av familiens japanske gartner, og mellom dem blomstrer kjærligheten. Etter Pearl Harbor dras de to fra hverandre da Ichimei og hans familie blir erklært fiender av USA og flyttes til interneringsleir. Alma og Ichimei gjenforenes igjen og igjen, men er tvunget til å skjule sin kjærlighet for omverdenen. Tiår senere nærmer Alma seg slutten av livet. Omsorgsarbeideren Irina møter den eldre kvinnen og barnebarnet Seth. Irina og Seth blir venner, og fascineres av en rekke mystiske gaver og brev som Alma mottar, og får vite om Ichimei og den hemmelige lidenskapen som har vart nesten sytti år.
Hemmelig kjærlighet som strekker seg over generasjoner og kontinenter, i krig og fred. Unge Alma Belasco blir i 1939 sendt fra et Polen i nazismens skygge til sin velstående onkel og tante i San Francisco. Her treffer hun Ichimei, den stillferdige sønnen til familiens japanske gartner. Uten at noen omkring dem merker det, gryr en øm kjærlighet mellom Alma og Ichimei, men etter japanernes angrep på Pearl Harbor blir de to brutalt revet fra hverandre. Flere tiår senere, da Almas lange og begivenhetsrike liv går mot slutten, blir pleieren Irina kjent med den eldre kvinnen og barnebarnet hennes, Seth. Sammen finner Irina og Seth en rekke mystiske gaver og brev som er blitt sendt til Alma i årenes løp. I Den japanske elskeren utforsker Allende spørsmål knyttet til identitet, tap og forsoning. Forfatteren av Åndenes hus fortsetter med denne romanen å skildre menneskenes hjerte, og skjebnens uforutsigbarhet, i en fortelling som strekker seg over generasjoner og kontinenter.
